Таким образом Лион стал лидером восстания федералистов. В конце концов Шалье был казнен. Тысячи беженцев хлынули по мостам, в основном ткачи шелка и другие представители рабочего класса. Они поселились в грубых (?) лагерях под защитой осаждающей армии, частично получая поддержку засчет денег присылаемых правительством в Париже. Триколор республики продолжал развеваться в осажденном городе. Восстание было преимущественно жирондистским, его лидеры, по крайней мере в начале, не желали объединяться с Бурбонами или иностранными державами. Но жирондизм был несколько запутанным, представлявшим собой смесь философского идеализма с классовыми предрассудками региональной самоуверенностью и лионские жирондисты, как только они бросили вызов Конвенту оказались стоящими плечом к плечу с контрреволюционерами. Роялисты собрались, чтобы нанести удар ножом Республике. Вражеские вилы были воодушевлены. Англичане надеялись удержать Тулон до тех пор пока Лион, ключ к долине Роны, был охвачен восстанием. Итальянцы из Пьемонта обнаружили, что вторжение с Востока значительно упростилось, пока из не отбросили назад примерно первого октября.
Кутон, прибыв, немедленно созвал военный совет. Некоторые из представителей, указывая на то, что город был на грани голода и надеясь избавить его от горечи вооруженного завоевания, советовали дождаться мирной капитуляции. Столкнувшись с проблемой восстания в других южных городах и изгнания англичан из Тулона, Комитет потребовал безотлагательной оккупации Лиона. Вероятно, именно в день прибытия Кутона представители народа получили свои приказы. Их настоятельно просили не терять времени. Сообщение из Парижа было плохим предзнаменованием для будущего Лиона.
Пусть они погибнут, - заявил Комитет, имея ввиду повстанцев, - пусть национальная власть, действующая ужасным образом, взмахнет над этим преступным городом мечом, который слишком долго угрожал виновным головам.
Поэтому Кутон отдал приказ о штурме, хотя и не без дополнительной задержки и только после того, как повстанцы отклонили два ультиматума, призывающих к капитуляции.